Köpenhamns zoologiska museum var ett museum för zoologi och naturhistoria i Köpenhamn i Danmark. Museet ingår sedan 2004 tillsammans med Geologisk Museum, Botanisk Museum och Botanisk Have i det då nybildade Statens Naturhistoriske Museum, som är en del av Köpenhamns universitet. Den 23 oktober 2022 stängde museet för gott, i samband med överföringen till en ny byggnad för alla de museer som ingår i Statens Naturhistoriske Museum. Den nya byggnaden planeras att öppna hösten 2025 i nordöstra hörnet av Botanisk Have.